Виктор Габерцеттель родился 28 февраля (16 по старому стилю) 1864 года в семье архитектора Фёдора Ивановича Габерцеттеля, мать – Александра Карловна, урождённая Шиллер (1839–1908), дед – Иоганн Габерцеттель (1788–1862). С 1873 по 1885 год Виктор учился в школе Карла Мая.
В 1885 году Виктор поступил в Императорскую академию художеств, где учился до 1893 года. За время обучения он получил Малую поощрительную медаль (1889), Малую (1891) и Большую серебряную (1892) медали. Его преподавателем был А.Л. Бенуа. В 1893 году Виктор получил звание классного художника 3-й степени, в 1894 году – звание классного художника 2-й степени.
В 1893 году в чине коллежского секретаря Виктор был определён на службу в министерство внутренних дел. В том же году он стал работать на Тюлевой фабрике сначала в качестве рисовальщика, а затем – архитектора и заведующего художественным ателье фабрики. Почётный член Санкт–Петербургского Совета детских приютов, участвовал в работе Совета Образцового детского приюта барона Штиглица. Надворный советник (с 1911 года). Он автор работ: «Село Услони на Волге», «Рыбацкие домики», «Закат» (1893), «Дождливый вечер», «На островах», «Болотная речка», «После дождя», «Пейзаж» (1890).
После революции 1917 года, семья Виктора Фёдоровича осталась на территории Финляндии.
Художественные произведения Виктора Габерцеттеля экспонировались на выставках Общества русских акварелистов.
Работы Виктора Габерцеттеля находится в Пензенской областной картинной галерее и Музее истории школы К. Мая.
Виктор Габерцеттель скончался 12 ноября (30 октября по старому стилю) 1912 года. Похоронен на Волковском лютеранском кладбище. Надгробие, выполненное архитектором Е.Е. Баумгартеном не сохранилось.
