Василий Экгорст родился в 1831 году.
В 1850-1860 годах учился Императорской Академии художеств, в классе батальной живописи под руководством профессора Богдана Павловича Виллевальде. В 1857 году за исполненную живописную картину «Контрабандисты» Василий удостоился Малой серебряной медали, а 1860 году за картины «Конюшня» и «Ландшафт» – Большой серебряной медали и звания классного художника 3-й степени «по живописи народных сцен».
Экгорст Василий Ефимович жил и работал в Санкт-Петербурге. Его любимые мотивы – лошади, коровы, табуны, лесные тропы и старые избы. Кроме того, он проявил себя как тонкий график и анималист. В его полотнах видно внимательное отношение к деталям и ясное понимание композиции. Своими работами Василий представлял поздний русский академизм и широко использовал живописное письмо жанровых народных сюжетов. Он работал в академической манере, но при этом избегал излишнего пафоса, стремился передать подлинную атмосферу русской деревни – с её тихими заводями, снежными дорогами и низким серым небом. В 1868 году он представил в Императорскую Академию художеств несколько работ на соискание звания Академика, но Совет Академии счёл их недостойными этого звания. Василий Ефимович посещал в 1876 году «Воскресные классы Императорской Академии художеств», чтобы научиться преподавать рисование и давать уроки рисования с целью денежного заработка. В 1890-х годах он часто и много работал в Великом княжестве Финляндском. Его творчество было весьма популярно в петербургских кругах. Его картины «Курсы», «Лошади в конюшне», «На охоте», «В окрестностях Петербурга», «На переезде», «Пейзаж с коровами», «Зимний пейзаж с дорогой», «Вид в Орловской губернии» и многие другие охотно приобретали не только любители живописи, но и коллекционеры.
Василий Экгорст экспонировался на выставках в залах Императорской Академии художеств (1854–1885, с перерывами) и на художественных выставках Общества выставок художественных произведений (1877, 1879 и 1880) в Санкт-Петербурге. В 1876 году он принял участие в Международной художественной выставке в Филадельфии.
Картины Василия Экгорста хранятся в Государственной Третьяковской галерее, Государственном Русском музее и других музейных собраниях.
Василий Экгорст скончался 3 августа (22 июля по старому стилю) 1901 года в Санкт-Петербурге. Похоронен на Смоленском православном кладбище.
