Сергей Скубко родился 6 ноября 1922 года в казачьем селе Сташевка Спасского района Приморского края. В 1930 году семья была раскулачена, лишилась имущества, но сумела перебраться во Владивосток. Отец Сергея, Михаил Скубко, казак, участник Первой мировой войны, был в 1930-е годы арестован по доносу и погиб в ГУЛАГе.
В 1941 году Сергей был призван в армию, но оставлен во Владивостоке, как знающий английский язык, для обслуживания американских поставок по ленд-лизу.
После войны Сергей приехал в Москву и поступил во ВГИК, откуда вскоре перешёл в Московский государственный академический художественный институт им. В.И. Сурикова, который окончил в 1951 году. Его дипломная картина «М.И. Калинин на родине среди крестьян».
С 1948 года и до конца жизни Сергей был женат на Людмиле Львовне Скубко-Карпас, художнике-живописце. В 1954 году Сергей был принят в члены Союза художников СССР и МОСХа. В 1950-е годы Сергеем была написана серия картин на исторические и историко-революционные темы, некоторые из которых находятся в зданиях МГУ на Воробьевых горах: «Беседа М.И. Калинина с академиком Карпинским», «В оранжерее» (совместная работа с женой, художником Людмилой Скубко-Карпас). Репродукция его картины «Ленин в вагоне поезда на пути в Петроград. Апрель 1917 года» выпускалась в СССР большим тиражом на открытках издательством «Советский художник». В 1960-е годы Сергей преподавал в РУДН им. П. Лумумбы, где им был написан ряд портретов студентов из стран Африки, Азии и Латинской Америки. В конце 1960-х, в 1970-х и 1980-х годах он много путешествовал и работал в Средней Азии, выезжал в горы (Памир). В эти годы был также написан ряд композиционных портретов: «Фёдор Достоевский», «Ползунов – изобретатель паровой машины». Картина «Чохан Валиханов» была отмечена дипломом как лучший портрет 1969 года. В конце 1950-х и первой половине 1960-х годов Скубко стал главным художником Комбината живописного искусства и в связи с этим был практическим реализатором постановки художников на ежемесячную зарплату под гарантию выполнения заказов. Она колебалась от 150 до 250 рублей в месяц, что вполне обеспечивало не только прожиточный минимум того времени, но и давало возможность после выполнения заказов отдаваться свободному творчеству. Перерасчёт зарплат происходил раз в полгода в зависимости от успешности выполнения заказов. В советское время многие художники заказные работы воспринимали как определённого роду кабалу, но сегодня почти все воспринимают ту систему госзаказов с благодарностью как удачный опыт взаимодействия государства с художниками и многие желают его возродить с учётом новых реалий. В 1980-х и в 1990-е годы Сергей интенсивно работал над пейзажами (Суздаль, Хива, Самарканд, Бухара, Подмосковье). Его работы продолжают линию московской живописной школы, в частности традиции лирического пейзажа конц XIX – начала XX века. В последние годы жизни Сергей Скубко много работал в жанре натюрморта. Многие его пейзажи и натюрморты написаны на семейной даче в приокской деревне Соколова Пустынь Ступинского района Московской области.
Сергей Скубко участник выставок с 1952 года.
Картины Сергея Скубко находятся во многих музеях, галереях и частных собраниях в России и государствах бывшего СССР, а также дальнем зарубежье – Англии, Италии, Испании, Франции, США, Китае и других стран.
Сергей Скубко скончался 21 января 2007 года в Москве.
