Павел Джогин родился 27 февраля (15 по старому стилю) 1834 года в селе Понуровка Стародубского уезда Черниговской губернии в семье «вольнопрактикующего лекаря». Он окончил Черниговскую гимназию.
В 1854–1862 годах Павел учился в классе пейзажной живописи в Императорской Академии художеств (ИАХ). В Академии он обнаружил признаки несомненного дарования и по художественным успехам на курсе профессора С.М. Воробьёва всегда шёл наряду со своими товарищами: Иваном Шишкиным, Александром Гине и Валерием Якоби. Ещё во время учёбы в Академии, на её годичных выставках стали появляться картины Павла. Эти виды и этюды окрестностей Санкт-Петербурга, Новгородской и Черниговской губерний заставляли предполагать, что из него со временем выйдет замечательный живописец русской природы. В 1857 году Павел был награждён Малой золотой медалью, в 1858 году – Малой и Большой серебряной медалями за картину «Вид в Дубках в окрестностях Санкт-Петербурга». Он неоднократно принимал участие в конкурсе на большую золотую медаль, но безуспешно. Павел окончил ИАХ со званием классного художника 2‑й степени.
В летние месяцы 1858 года Павел совместно с И.И. Шишкиным и А.В. Гине работал на острове Валааме. Он много путешествовал по России, часто бывал на Украине и в Новгородской губернии. В 1860 году Джогин, Гине и Шишкин обратились в Совет ИАХ с просьбой о выдаче им денежного пособия на издание их этюдов посредством литографии. Совет постановил «за принимаемые ими на себя труды по опытам литографии выдать денежное вознаграждение в количестве 150 pублей серебром на всех трёх и объявить им признательность Совета, а г. профессора Воробьева благодарить за успехи тех его учеников». Летом 1864 года по заданию Гидрографического департамента Павел вместе с А.П. Боголюбовым работал над составлением атласа берегов Балтийского моря. В 1868 голу за картину «Вид в Черниговской губернии» и за «искусство и познания в живописи пейзажной» Джогин удостоен звания академика. Пик его карьеры приходится на 1860–1870-е годы. Джогин пишет пейзажи неброской северной природы, величественный Валаам, родную Черниговскую губернию. Дальнейшая художественная деятельность Джогина, ввиду его слабохарактерности и неудачно сложившимся жизненным обстоятельствам, не оправдала возлагавшихся на него надежд. В своём творчестве Павел выступал продолжателем традиций академического пейзажа. В русское искусство Джогин вошёл как представитель академической живописи. Его главным творческим пристрастием стал тип итальянизированного, то есть идеального с точки зрения красоты, пейзажа, часто – с идиллической жанровой сценой, а натурой для такого пейзажа служили виды различных городов или их характерных мест: окрестности Санкт-Петербурга, виды Эстляндской, Новгородской и Черниговской губерний. Джогин боготворил красоту северной природы: только в её первозданности он находил новые мотивы для творчества и создал свой, неповторимый колорит русского леса. По замечанию историка искусства Ф.И. Булгакова, его пейзажи, экспонируемые на академических выставках, «обещали в нём даровитого художника, но он принужден был работать исключительно для художественного рынка». Павел писал свои картины без этюдов, не справляясь с натурою, на заученные мотивы и рутинными приёмами, однако, и в этих вещах иногда проглядывали следы его дарования. Одними из ярких его работ являются картины «Вечерний закат на реке» (1879) и «Пейзаж с женской фигурой» (1879).
С 1859 Павел Джогин регулярно экспонировал свои работы с видами окрестностей Петербурга, Новгородской и Черниговской губерний на выставках ИАХ и с 1860 по 1876 год Общества поощрения художников.
Произведения Павла Джогина находятся во многих музейных и частных собраниях. Творчество мастера представлено в Государственной Третьяковской галерее, Государственном Русском музее, Государственном Эрмитаже, Государственном музее изобразительных искусств республики Татарстан в Казани, Рязанском областном художественном музее, Иркутском областном художественном музее им. В.П. Сукачева, музеях Алма-Аты, Иркутска, Курска, Ташкента, Тюмени и других городов.
Павел Джогин скончался 16 февраля (4 по старому стилю) 1885 года в Санкт-Петербурге от рака горла в полной нищете.
