Николай Никитин родился 18 мая (6 по старому стилю) 1811 года. Его отец, титулярный советник Степан Никитин, был канцелярским служителем петербургской портовой таможни.
С 1821 учился в Императорской Академии художеств (ИАХ) у М.Н. Воробьёва. 3а время учёбы он получил Малую и Большую серебряные медали (1832) за написанный с натуры «Вид залы графини Строгановой», и Малую золотую медаль за программу «Вид Адмиралтейства с частию Зимнего дворца». В 1833 году он окончил ИАХ с аттестатом 1-й степени.
Николай был рекомендован петербургской театральной дирекции как декоратор, но получил отказ. В 1834–1840 годах он был пенсионером Императорской Академии художеств в Италии. 5 января 1839 в мастерской Ф.А. Бруни по случаю приезда в Рим наследника, великого князя Александра Николаевича, были выставлены работы русских художников, в том числе три работы Николая Никитина. В сентябре 1840 года Николай вернулся из Италии в Петербург. В июне 1841 года ему присвоено звание академика декорационной живописи, в сентябре этого же года – «городовым архитектором» в Царском Селе. С сентября 1845 года он получил чин коллежским асессором. В этом же году его назначают «каменных дел мастером» по постройке в Царском Селе дачи великого князя Николая Николаевича. По проектам Николая Степановича в Царском Селе были построены госпиталь, гостиный двор, здание приюта и много частных домов. Им была выполнена декорация «великолепной залы» для оперы Г. Доницетти «Лукреция Борджия», которая впоследствии служила декорацией «Зала во флорентийском вкусе» для оперы Г. Доницетти «Анна Болейн». Николай Степанович участвовал в росписи Исаакиевского собора. В 1856 году ему был пожалован орден Св. Станислава 3-й степени, памятная медаль «В память Крымской войны 1853–1856» (на Андреевской ленте). В феврале 1857 императрица Мария Александровна пожаловала ему перстень, в апреле 1859 года – орден Св. Анны 3-й степени.
В 1833 и 1836 годах Николай Никитин принимал участие в выставках Императорской Академии художеств, в 1834 и 1838 годах – в выставках Императорского общества поощрения художеств.
Работа Николая Никитина «Картинная галерея Строгановского дворца» (1832) находится в Государственном Русском музее.
Николай Никитин скончался 3 декабря (21 ноября по старому стилю) 1881 года. Похоронен на Казанском кладбище в Царском Селе.
