Иван Лубенников родился 14 мая 1951 года в Минске, БССР в семье советского партийного и государственного деятеля Леонида Игнатьевича Лубенникова. Он учился в Московской средней художественной школе.
Иван учился в Московском государственном академическом художественном институте им. В.И. Сурикова по классу монументальной живописи – мастерская К.А. Тутеволь.
В 1978 году Иван вступил в Союз художников. Признание профессионального сообщества и либеральной критики пришло к Ивану в начале 1980-х годов благодаря росписи актового зала комбината «Трёхгорная мануфактура», за которую он получил одну из премий МОСХ РСФСР «Лучшая работа года». За оформление экстерьера и интерьера нового железнодорожного вокзала в Звенигороде, ныне утраченное после реконструкции без участия автора, он был награждён «Первой премией МГОХФ». В конце 1980-х годов Иван оформил и усовершенствовал фасады Московского театра на Таганке конструкциями из металла. В 1980 году он создал Советский раздел Международного музея Освенцим (совместно с архитектором Александром Скоканом). Одной из его самых крупных работ в 1980-е годы стало участие Лубенникова в создании Государственного музея В. Маяковского в Москве, где в соавторстве с Е. Амаспюром, А. Волковым, И. Обросовым и другими он воплотил множество объёмно–пространственных композиций из металла и бетона. С начала 1990-х годов у него возникает перерыв в работе с архитектурой, вызванный экономическими проблемами новой России. В этот период он сотрудничал с зарубежными галереями: в Соединённых Штатах Америки, во Франции и Нидерландах. Параллельно с этим Иван Леонидович преподаёт в Московском государственном академическом художественном институте им. В.И Сурикова, профессор кафедры живописи и композиции с 2013 года. В конце 1980-х годов, на волне перестройки, он избирается секретарём правления СХ СССР, а позже, уже в конце 1990-х, становится председателем секции Художников–монументалистов Московского союза художников. Также Лубенников занимается организацией выставок, в числе которых Семнадцатая молодёжная выставка Московского отделения союза художников, выставка «Иллюзии и реальность». В 2005 году Лубенников вместе с четырьмя другими художниками оформил станции Московского метро: «Маяковская» – мозаики на своде северного вестибюля, отмеченные в 2009 году Международной премией В. Маяковского, «Сретенский бульвар» – панно из травленого металла, «Славянский бульвар» – интерьер. Также он создал объёмно–пространственную композицию из металла и литого стекла «Курочка Ряба», подаренную Парижскому метрополитену и размещённую на станции «Мадлен» 14-й линии. В 2004–2006 годах он создаёт и осуществляет архитектурно–художественную концепцию храма Воскресения Христова (архитектора А. Анисимов, З. Батракова), в посёлоке Переделкино Московской области. Он автор работ: «Ольга» (1974), «Человек с гранатами» (1983), «Портрет жены и сына» (1985), «Яичница» (1990), «Автопортрет» (2002), «Огонь, вода и медные трубы» (2009), «Автопортрет с собакой» (2010), «Сарай» (2014), «Орудия» (2015), «Радуга» (2017), «Золотая осень» (2019), «Посейдон» (2019). В октябре 2011 года выходит первая художественно–документальная книга, двухтомник, посвящённая творчеству Лубенникова. Первый том: репродукции более двухсот живописных полотен и десяти монументальных объектов. Второй том: художественно–документальная проза Ивана Лубенникова. Выпущено издательством Agey Tomesh/WAM (World Art Museum) при участии Министерства культуры РФ и Федерального агентства по печати и массовым коммуникациям.
С 1972 года Иван Лубенников начал участвовать в выставках. Его первая крупная персональная выставка открылась в 1987 году в Выставочном зале «На Каширке». Юбилейная выставка, приуроченная к его 70-летию, состоялась в Мраморном дворце Русского музея в 2021 году. В 2023 году в РОСИЗО прошла выставка его работ «Иван Лубенников. Размышления художника», а в 2024 году – «Иван Лубенников. Сон Адама» в Музее Коваленко.
Произведения Ивана Лубенникова находятся в Государственной Третьяковской галерее, Государственном Русском музее, Музее Академии художеств, в других музеях и галереях России и зарубежом.
Иван Лубенников скончался 3 октября 2021 года. Похоронен в Москве на Кунцевском кладбище (уч. 10).
