Геннадий Харитонов родился 14 июня 1933 года в Миассе Уральской области.
В 1948 году Геннадий окончил Свердловское художественное училище. С 1953 по 1959 год он обучался на живописном факультете Института живописи, скульптуры и архитектуры им. И.Е. Репина Академии художеств СССР (ныне – Всероссийская академия художеств) у Виктора Михайловича Орешникова. Его дипломная работа «На Братской ГЭС» получила оценку «отлично». По окончании института ему присвоили квалификацию художника живописи.
В 1983 году Геннадий вступил в Союз художников РСФСР. Среди его известных работ – картины «Уральская деревня» (1960) и «Луговые васильки» (1982). В 1985 году в Перми был выпущен каталог живописи Геннадия Харитонова, составленный А.А. Ивановой. Техническую и концептуальную основу его живописи составляют византийская и древнерусская иконопись с их религиозными образами раннехристианской культуры, церковная техника вышивки драгоценными камнями. В его пейзажных, сказочных или религиозных «мозаичных» композициях–притчах всегда можно встретить узнаваемый пунтаулистический мазок, отголосок импрессионистической манеры.
Работы Александра Харитонова находятся в Государственной Третьяковской галерее, Московском музее современного искусства, Museum Ludwig (Кёльн, Германия), Jane Voorhees Zimmerli Art Museum at Rutgers University (Нью-Джерси, США), Tempere Museum (Темпера, Финляндия), в других собраниях и час юных коллекциях.
