Иосиф Габерцеттель родился 2 сентября (22 августа по старому стилю) 1791 года в Санкт-Петербурге, в семье камер-музыканта Дирекции Императорских театров.
В 1800 году Иосиф поступил в Воспитательное училище при Императорской Академии Художеств, был учеником Василия Козьмича Шебуева. Во время учёбы в Академии был удостоен серебряной медали по классу истории и мифологии (1812) и трёх серебряных и одной Малой золотой медали за рисунки с натуры (1812–1813). Окончив курс в 1815 году с аттестатом 1-й степени и Малой золотой медалью, полученной за картину по заданной программе «Моление Господа Иисуса Христа о чаше», Иосиф оставался при Академии пенсионером до 1817 года для продолжения учения по классу исторической живописи.
Отправившись за свой счёт за границу, Иосиф занимался в Италии копированием произведений великих мастеров, между прочих картин, «Преображение» Рафаэля (1826–1828), которая в 1831 году была куплена императором Николаем I и подарена Академии Художеств, и «Любовь небесная и любовь земная» Тициана (также приобретенная Николаем І). Написал оригинальные картины «Тайная вечеря» для Львова и «Иоанн Креститель, проповедующий в пустыне» (продана в Англию). В 1834 году Иосиф возвратился в Санкт–Петербург и получил звание академика за свои заграничные работы. Желая приобрести звание профессора, он получил задачу, но не исполнил её. В то же время он просил назначить ему такую же пенсию, какой пользовались некоторые пенсионеры Академии, возвратившиеся из чужих краёв, но получил отказ, потому что Государь нашёл его талант слабым. Годы 1835–1837 Иосиф Иванович провёл в Риме, где исполнил копию с картины Д. да Вольтерра «Снятие со креста» для академической церкви, для которой он написал также образа архангелов Гавриила и Михаила. По рассмотрении образов, писанных Габерцеттелем Совет Академии 28 декабря 1837 года единогласно признал их столь слабо и неудовлетворительно исполненными, как если бы он их писал «с особым небрежением или понятия его об искусстве вообще ограничены», и положил «дать ему знать, что, во всяком случае, Академия находит, что он не оправдал ожиданий её и носимого им звания академика, если же он не лишается сего последнего, то единственно из снисхождения, но отныне впредь никаких ему поручений делать не станет и заказ ему сделанный – образ Св. Николая для той же церкви – уничтожает, следовательно он и не беспокоился бы его оканчивать и присылать в Академию». Возвратившись в Санкт–Петербург, Иосиф Иванович написал запрестольный образ для церкви Лейб-Гвардии Конного полка (1839) и несколько икон для Исаакиевского собора (1842–1843) и Введенской церкви в Петербурге (1843). Среди его работ: картины «Тайная Вечеря», «Иоанн Креститель проповедует в пустыне», копии с картин «Преображение Господне» (1826–1828) и «Мадонна делла Седиа» Рафаэля (1837), «Любовь небесная и земная» Тициана, «Снятие со креста» Д. да Волтерра (1835–1837). С 1843 года Иосиф Габерцеттель жил в Англии. В 1845 году он домогался, чтобы Академия заказала ему копии с Гемптонкортских картонов Рафаэля.
Работы Иосифа Габерцеттеля находятся в собраниях Государственного Эрмитажа, Научно-исследовательский музей при Российской академии художеств.
Иосиф Габерцеттель скончался 5 апреля (24 марта по старому стилю) 1853 года в большой бедности в Лондоне.
