Николай Феофилактов родился 13 апреля 1876 года (по другим данным – 1878) в Москве.
С 1892 года Николай учился в Московском межевом институте, но при этом больше увлекался живописью и рисунком. Профессионального художественного образования он не получил, но посещал студию К.Ф. Юона.
Считается, что на художественный стиль Николая, в немалой степени повлияли картины и рисунки Михаила Врубеля, которыми он сильно увлекался в молодости, сотрудничал с журналом «Золотое Руно». Он дружил с молодыми Н.Н. Сапуновым, С.Ю. Судейкиным. В 1903 году, в ходе рабочей поездки в Санкт-Петербург, Николай познакомился с известным театральным деятелем Сергеем Дягилевым, который взялся за продвижение его имени и работ. Первым шагом в этом деле, стало причисление Николая Петровича к художественному объединению «Мир искусства». Вскоре через поэта Валерия Брюсова, Николая устроили главным художником в редакцию журнала «Весы». В 1904–1909 годах он работал в издательстве «Скорпион», где создал логотип, считающийся одной из его первых значительных графических работ. За Феофилактовым закрепилось прозвище «Московский Бердслей» за подражание стилю английского графика Обри Бердслея. Его графический, слегка дилетанский стиль и темы: болезненные фантазии, маски, свечи, странные гермафродиты, бесполые марионетки, сфинксы и химеры с летучими мышами – имели большой успех. Однако в отличие от Бёрдсли, всё это изображалось без трагического надрыва, легко и как бы в шутку, сдобрено мягкой, типично московской пластикой и потому выглядело более художественно. В 1906 году он работал в Петербурге с театральной группой Всеволода Мейерхольда – в ходе этой работы он сблизился с поэтом и композитором Михаилом Кузминым. После 1910 года Николай неожиданно «вышел из моды» и больше занимался живописью.
После Октябрьской революции 1917 года Николай пользовался поддержкой Народного комиссариата просвещения РСФСР старшим хранителем музея Новой западной живописи. Как иллюстратор он сотрудничал со многими московскими книжными издательствами тех времён. В 1924 году Николай работал в Малом театре, им выполнены юбилейная марка к столетию театра и портреты артистов. В 1930 году Николай Петрович работал в институте Маркса и Энгельса. Он выполнил ряд рисунков, которые приобрели А.В. Луначарский и А.С. Яковлев. В 1938 году году Феофилактов торжественно объявил друзьям и близким, что больше не хочет работать иллюстратором, а желает полностью посвятить себя живописи, однако серьёзно поработать в технике живописи он не успел.
Николай Феофилактов принимал участие в выставках «Алая роза» (1904, Саратов) и «Голубая роза» (1907, Москва), а также в выставках объединений «Венок», «Союз русских художников», «Салон „Золотого руна“». Николай участвовал в выставках «Мир искусства» (1913, 1915). В 1926 году он принял участие в выставке «4-х искусств» в Историческом музее, в 1927 году – в выставке «Графика СССР за 10 лет» в Государственной Третьяковской галерее. В 1933 году Феофилактов принял участие в выставке «Художники РСФСР за 15 лет» в музее Изобразительных искусств, а в 1936 году – в выставке «15 лет советской графики».
Работы Николая Феофилактова находятся в Государственной Третьяковской галерее и в частных собраниях.
Николай Феофилактов скончался 9 февраля 1941 года от туберкулёза. Похоронен на Новодевичьем кладбище.
