Евгений Чарушин родился 11 ноября (29 октября по старому стилю) 1901 года в Вятке, в семье Ивана Аполлоновича Чарушина, главного губернского архитектора, оказавшего влияние на застройку многих городов Прикамья и Предуралья. На протяжении всей жизни он был дружен с родившимся в Вятке художником Ю.А. Васнецовым. В 1918 году Евгений окончил среднюю школу и был призван в Красную Армию. Он работал помощником декоратора в культпросвете Политотдела штаба Красной Армии Восточного фронта. В 1922 году по окончании службы вернулся в Вятку.
Евгений учился в декоративных мастерских Вятского губернского военкомата. Осенью 1922 года он переехал в Петроград и поступил на живописный факультет в Петербургской Академии художеств (Высшем художественно–техническом институте – ВХУТЕИНе), где занимался пять лет, у педагогов А.Е. Карева, А.И. Савинова. В 1922–1927 годах он посещал Мастерскую пространственного реализма М.В. Матюшина, пока формально не был его студентом. В 1927 году он закончил ВХУТЕИН.
С 1927 года Евгений начал работу в Детском отделе Госиздата, художественным редактором которого был В.В. Лебедев, ставивший перед собой задачу создания принципиально новой детской книги, высокохудожественной и познавательной. Лебедев принял Евгения, и помог ему сформировать его личный стиль, связанный прежде всего с изображениями животных. Первой книгой, иллюстрированной Евгением Ивановичем, был рассказ В.В. Бианки «Мурзук». Евгением испытал сильное влияние В.В. Лебедева в формировании собственного художественного стиля в графике. В 1928 году он женился на землячке Наталье Зоновой, с женой они жили дружно. Через 6 лет у них родился единственный наследник и продолжатель дела отца Никита. В 1929 году Чарушин сделал несколько книг: «Дикие звери», «Разные звери», «Вольные птицы», «Как мишка большим медведем стал». В 1930 году, при участии и помощи С.Я. Маршака, Евгений начал работать в детской литературе, писал небольшие рассказы для детей о жизни животных. Заслужил похвалу Максима Горького. До войны он создал около двух десятков книг: «Птенцы» (1930), «Волчишко и другие», «Облава», «Цыплячий город», «Джунгли – птичий рай», «Животные жарких стран» (1931) и другие. Он написал рассказы «Что за зверь?», «Страшный рассказ», «Удивительный почтальон», «Яша», «Верный Трой», «Кот Епифан», «Друзья», серии рассказов про Тюпу и про Томку. Он иллюстрировал собственные книги «Волчишко и другие» (1931), «Никитка и его друзья» (главный герой – сын Чарушина, 1938). Евгений постоянный автор журнала «Чиж» как писатель и художник. Книги Чарушина переведены на языки народов России и некоторых зарубежных стран. Книги и рисунки Чарушина для детей младшего возраста вместе с познавательными целями органически сочетаются с воспитанием этического сознания и любви к природе.
В 1941 году после начала Великой Отечественной войны Евгений эвакуировался из Ленинграда в Киров, где рисовал плакаты для «Окон ТАСС», писал картины на партизанскую тему, оформлял спектакли в Кировском театре драмы. Им выполнены росписи в здании Дворца пионеров по проекту архитектора Л.И. Чинёнова. В 1945 году он вернулся в Ленинград, где создал серию эстампов с изображениями животных. Евгений занимался скульптурой и мелкой пластикой (в фарфоре), преимущественно анималистикой, делал эскизы росписи для чайных сервизов на Ленинградском фарфоровом заводе. Его эстампы и мелкая фарфоровая пластика по духу близки книжным иллюстрациям. Евгений создавал иллюстрации книг для авторов – С.Я. Маршака, М.М. Пришвина, В.В. Бианки. Всю жизнь Евгений Иванович с огромным уважением относился к своим читателям. Его радовало, что звери, которых он рисовал, нравятся не критикам и редакторам, а именно малышам. Чарушинские звери всегда очень трогательны, эмоциональны. Последним оформленным им изданием стала книга С.Я. Маршака «Детки в клетке».
В 1935 году состоялась первая выставка ленинградских художников, где был представлен сервиз Евгения Чарушина «Зверь» (1934). Он принимал участие в выставке работ ленинградских художников в промышленности и декоративно-прикладном искусстве (1950), где были показаны 13 фарфоровых фигурок-персонажей русских народных сказок В 1952 году он участвовал в республиканской выставке произведений народного прикладного искусства и художественной промышленности РСФСР, где были представлены фарфоровые фигурки-персонажи русских народных сказок, выполненные им в 1948 году.
Произведения Евгения Чарушина хранятся в Государственном Эрмитаже, Государственном Русском музее, а также в других музеях и частных собраниях в России и зарубежом.
Чарушин скончался 18 февраля 1965 года в Ленинграде. Похоронен на Богословском кладбище (Пискарёвская дорога, уч. 74).
